Sebelum menjadi Madrasah Negeri Model seperti sekarang ini, Madarasah ini mengalami perjalanan yang sangat panjang. Proses belajar mengajar di madrasah ini di mulai sejak tahun 1982 dan di kelola oleh pengurus pendidikan Al – Ijtihad. Berawal dari keinginan pengurus pendidikan Al – Ijtihad untuk membentuk suatu lembaga pendidikan yang bernama Sekolah Islam Al – Ijtihad di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Al – Ijtihad. Lokasi awal sekolah ini pada waktu itu berada di Kelurahan Selili tepatnya dekat dengan pelelangan ikan dengan tenaga pengajar dan 30 orang siswa.
Dengan fasilitas apa adanya proses belajar mengajar berjalan lancar namun besarnya perhatian masyarakat sekitar serta adanya usaha dari pihak pengelola sekolah maka dari waktu ke waktu Sekolah Islam Al – Ijtihad mengalami peningkatan. Hal ini terlihat pada tahun 1984 jumlah sisiwa bertambah banyak hingga 50 orang siswa.
Pada perkembangan selanjutnya Sekolah Islam Al – Ijtihad di pindahkan kejalan Lumba – lumba sekarang Sultan Alimuddin tempat MIN 2 Model sekarang berada. Dengan bangunan yang terbuat dari kayu terdiri dari 3 ruangan sedangkan tempat yang lama di bangun sebuah masjid.
Pada tahun 1989 Lembaga Pendidikan Islam Al – Ijtihad ini yang semula masih berbentuk kepengurusan, kemudian di daftarkan ke Pengadilan Negeri dan di akui sebagai sebuah Yayasan Pendidikan Islam Al – Ijtihad berubah menjadi Yayasan Pendidikan Islam Al – Ijtihad yang di ketuai oleh H. Jailani Salman dan sejak itu pula resmilah Sekolah Islam Al – Ijtihad menjadi Madrasah Ibtidaiyah Al – Ijtihad.
Di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Madrasah ini mengalami perubahan – perubahan yang progresif baik sarana, fasilitas maupun tenaga pengajarnya. Pada proses selanjutnya Madrasah ini berganti status menjadi Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 pada tahun 1995, dengan keputusan dari Kantor Agama, Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia No. 5154 Tahun 1995 Kepala Madrasah tetap di jabat oleh Bapak Sjahran. K, A.Ma.
Usaha keras dari Bapak Kepala Madrasah dan Guru dalam melaksanakan proses belajar mengajar sehingga kepercayaan masyarakat terhadap Madrasah Ibtidaiyah Negeri ini semakin meningkat di samping itu juga nilai agama di madrasah ini lebih banyak daripada sekolah – sekolah yang lain hingga jumlah siswa – siswi di MIN bertambah banyak. Sehingga pada tahun 2000 Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 resmi menjadi Madrasah Ibtidiayah Negeri Model Selili Samarinda. Dan pada tahun 2002 jumlah siswa MIN Model berjumlah 674 siswa dan pada tahun 2003 ini menjadi 730 siswa sehingga Madrasah Ibtidaiyah Negeri Model merupakan Madrasah terbanyak dari segi jumlah siswanya, dan menjadi madrasah model dari 22 madrasah se – Indonesia.